企业所得税优惠，是指企业所得税法规定的优惠事项，以及税法授权国务院和民族自治地方制定的优惠事项。包括免税收入、减计收入、加计扣除、加速折旧、所得减免、抵扣应纳税所得额、减低税率、税额抵免、民族自治地方分享部分减免等等。企业应当自行判断其是否符合税收优惠政策规定的条件。凡享受企业所得税优惠的，应当按照本办法规定向税务机关履行备案手续，并妥善保管留存备查资料。
那么，企业所得税优惠事项备案具体如何操作呢？咱们一起来看一看企业所得税优惠备案那些事儿吧！
事项一 优惠事项备案：明确55项企业所得税备案管理事宜
企业所得税优惠事项备案，根据《办法》规定，企业在自行判断符合税收优惠政策条件前提下，凡享受企业所得税优惠的，向税务机关报送《企业所得税优惠事项备案表》，并按照《办法》规定提交相关资料的行为。为增强《办法》可操作性，便于企业查询使用，随《办法》附录《企业所得税优惠事项备案管理目录》（2015年版），《目录》共计企业所得税优惠事项55项。这是在对现行企业所得税优惠政策全面梳理基础上，按照优惠事项名称、政策概述、主要政策依据、备案资料、预缴期是否享受优惠、主要留存备查资料等项目进行的归纳、细化与明确。编发《目录》对于落实优惠政策具有积极作用。一是细化执行标准，进一步增强《办法》操作性；二是便于企业学习、查询和应用企业所得税优惠政策，知悉具体管理要求；三是便于税务机关统一办税流程，规范操作程序；四是增强社会监督，推动政府信息公开。
事项二 备案资料：《备案表》和部分相关资料
备案资料主要包括两项内容，即《备案表》和部分相关资料。《备案表》由企业按照规定填写，反映企业享受优惠政策的基本情况；相关资料则根据《目录》要求提供。大部分优惠事项企业仅填写《备案表》即可完成备案。据初步统计，《企业所得税优惠事项备案管理目录》（以下简称《目录》）列示的55项优惠事项中，有24项需要附报享受优惠政策的相关资质、证书、文件等，28项只需填写1张《备案表》，3项优惠以“申报代替备案”，对于企业享受小型微利企业所得税优惠、固定资产加速折旧、单位价值低于5000元固定资产一次性扣除和低于100万元的研发仪器设备一次性扣除等优惠政策，企业通过填写纳税申报表相关栏次履行备案手续，不再另行填写《备案表》。
事项三 备案时间：不迟于年度汇算清缴纳税申报限期
由于各项优惠政策类型和享受优惠政策条件有所不同，大多数优惠政策可以在预缴环节申报享受，少部分优惠政策由于核算原因或者需要依据某种资格判断是否符合优惠政策条件，需要等到汇算清缴时才能判断是否享受优惠政策；同时考虑有的企业可能同时享受多项优惠事项。为减轻企业负担，减少企业一个年度内多次备案，《办法》规定，企业应当不迟于年度汇算清缴纳税申报时备案，即不得超过年度企业所得税汇算清缴截止期（次年的5月31日）。这样处理，有利于企业集中办理优惠事项备案工作，税务机关以信息化方式掌握纳税人享受优惠情况，提高纳税申报数据质量，加强税收优惠的后续管理。企业享受定期减免税，在享受优惠起始年度备案。在减免税起止时间内，企业享受优惠政策条件无变化的，不再履行备案手续。企业享受其他优惠事项，应当每年履行备案程序。
事项四 备案分类：正常备案、变更备案
备案分为正常备案、变更备案二种情况。未发生变化不再备案、不再符合减免税条件主动停止减免税。
（一）正常备案，是指企业享受优惠政策所履行的一种备案方式。
（二）变更备案，主要针对享受定期减免税的企业，其在享受定期减免税政策的第1年履行备案手续后在此后优惠政策有效期限内：
1.如果减免税条件未发生变化的，不再备案。
2.对于减免税条件发生变化但企业可以继续享受减免税的，为避免纳税人判断失误，需要企业履行备案手续，税务机关可以籍此加强税收优惠管理，同时增加纳税人享受政策的准确性，是一项为纳税人服务的措施。
3.对于纳税人减免税条件发生变化，不再符合减免税条件的，为减轻企业办税负担，不需要履行额外手续，企业应当主动停止减免税，恢复征税。
事项五 分别备案：享受多项税收优惠或税收优惠需要分不同项目核算
企业同时享受多项税收优惠，或者某项税收优惠需要分不同项目核算的，应当分别备案。主要包括：研发费用加计扣除、所得减免项目，以及购置用于环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额等优惠事项。定期减免税事项，按照《目录》优惠事项“政策概述”中列示的“定期减免税”执行。
事项六 定期优惠：减免税条件发生变化视情处理
定期减免税优惠事项备案后有效年度内，企业减免税条件发生变化的，按照以下情况处理：
（一）仍然符合优惠事项规定，但备案内容需要变更的，企业在变化之日起15日内，向税务机关办理变更备案手续。
（二）不再符合税法有关规定的，企业应当主动停止享受税收优惠。
（三）对于不符合税收优惠政策条件的优惠事项，企业已经申报享受税收优惠的，应当予以调整。
事项七 汇总纳税：企业优惠事项办理规定总分有别
跨地区（省、自治区、直辖市和计划单列市）经营汇总纳税企业的优惠事项，按以下情况办理：
（一）分支机构享受所得减免、研发费用加计扣除、安置残疾人员、促进就业、部分区域性税收优惠（西部大开发、经济特区、上海浦东新区、深圳前海、广东横琴、福建平潭），以及购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额优惠，由二级分支机构向其主管税务机关备案。其他优惠事项由总机构统一备案。
（二）总机构应当汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，填写《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》，随同企业所得税年度纳税申报表一并报送其主管税务机关。
（三）同一省、自治区、直辖市和计划单列市内跨地区经营的汇总纳税企业优惠事项的备案管理，由省税务机关确定。
事项八 留存备查资料：按要求限期提供和期限保存
企业应当按照税务机关要求限期提供留存备查资料，以证明其符合税收优惠政策条件。留存备查资料，是指与企业享受优惠事项有关的合同（协议）、证书、文件、会计账册等资料。是企业证明符合税法规定优惠条件、标准的重要依据。具体按照《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料执行。省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局（以下简称省税务机关）对《目录》列示的部分优惠事项，可以根据本地区的实际情况，联合补充规定其他留存备查资料。企业对报送的备案资料、留存备查资料的真实性、合法性承担法律责任。企业不能提供留存备查资料，或者留存备查资料与实际生产经营情况、财务核算、相关技术领域、产业、目录、资格证书等不符，不能证明企业符合税收优惠政策条件的，税务机关追缴其已享受的减免税，并按照税收征管法规定处理。企业应当妥善保管留存备查资料，在税务机关对优惠事项后续管理中，企业有义务提供留存备查资料，并且应当对资料的真实性与合法性负责。企业留存备查资料的保存期限为享受优惠事项后10年。税法规定与会计处理存在差异的优惠事项，保存期限为该优惠事项有效期结束后10年。
事项九 风险提示：防控税收优惠备案四大税务风险
（一）纳税人对备案资料的真实性、合法性承担法律责任。企业所得税优惠事项全面改为备案管理之后，税务机关的工作重心和管理方式将发生转变，从“重审批、轻管理”转移到“重管理，优服务”。税务机关受理企业优惠事项备案资料时，只是进行形式审核。企业应当自行判断其是否符合税收优惠政策规定的条件，由纳税人对备案资料的真实性、合法性承担法律责任。
（二）未按照规定备案的税务机关责令限期备案。企业已经享受税收优惠但未按照规定备案的，企业发现后，应当及时补办备案手续，同时提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。税务机关发现后，应当责令企业限期备案，并提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。税务机关发现企业预缴申报享受某项税收优惠存在疑点的，应当进行风险提示。必要时，可以要求企业提前履行备案手续或者进行核查。
（三）采取后续管理方式对享受税收优惠进行核查。税务机关应当采取税收风险管理、稽查、纳税评估等后续管理方式，对企业享受税收优惠情况进行核查。企业享受税收优惠后，税务机关将结合企业的纳税申报表信息、备案资料、其它税收征管信息以及第三方涉税信息，采取风险提示、评估、稽查等多种有效方式，对企业享受税收优惠的真实性与合法性实施管理。企业应当根据税务机关的要求，提交留存备查资料以证明符合税法规定的优惠条件与标准。
（四）不符合税法规定条件的责令停止享受并追缴税款及滞纳金。税务机关后续管理中，发现企业已享受的税收优惠不符合税法规定条件的，应当责令其停止享受优惠，追缴税款及滞纳金。属于弄虚作假的，按照税收征管法有关规定处理。企业已经享受税收优惠，但在汇缴期间未按照规定备案的，应在发现后及时补办备案手续，同时提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。税务机关发现后，应当责令企业限期备案，同时提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。对于上述情形，税务机关审核企业相关资料后符合税收优惠政策条件的，应当按照税收征管法有关未按规定报送相关资料处罚。对于经审核不符合税收优惠政策条件的，应当取消所享受优惠，追缴税款，加收滞纳金。